Создание Контактной группы «ШОС — Афганистан» (КГ) мотивировалось обеспокоенностью стран ШОС негативным развитием ситуации в ИРА и намерением наладить конкретный консультативный диалог с Кабулом. Подписание соответствующего Протокола состоялось 4 ноября 2005 года в Пекине на уровне (тогда) Исполнительного секретаря ШОС и Чрезвычайного и полномочного посла Афганистана в КНР. В задачу КГ входила выработка предложений и рекомендаций о сотрудничестве по вопросам, представляющим взаимный интерес, а ее деятельность определялась в форме консультативных встреч на базе Секретариата ШОС или афганского посольства в Пекине. Состав Группы должен был формироваться из Постпредов государств — членов при Секретариате ШОС, должностных лиц Секретариата и старших дипломатов Посольства. Было также зафиксировано, что прекращение деятельности КГ осуществляется только по взаимной договоренности.
15 мая 2006 года Решением СМИД ШОС был утвержден Регламент работы представителей ШОС в КГ, в котором, в частности, отмечалось, что на ее заседаниях представители ШОС выступают с согласованных позиций, а при наличии возражений по той или иной позиции со стороны одного государства — члена она считается несогласованной и на заседания Группы не выносится.
После создания КГ и до настоящего времени было проведено три встречи:
1. В феврале 2006 года были обсуждены процедурные вопросы ее деятельности и определен круг вопросов, представляющих взаимный интерес.
2. В феврале 2007 года афганская сторона выразила заинтересованность в содействии со стороны ШОС в восстановлении экономики ИРА и ее вовлечении в реализацию проектов в рамках Программы многостороннего торгово — экономического сотрудничества государств — членов ШОС. Среди приоритетных для Кабула направлений указывались проекты в области энергетики, транспортной инфраструктуры и др.
3. 10 октябре 2008 года афганская сторона передала информацию о ситуации в стране, по внутригосударственному строительству и о подготовке к президентским выборам 2009 года). Тогда же она вновь затронула экономическую проблематику сотрудничества с ШОС, в том числе, в части развития транспортной системы ИРА, предоставлении наиболее благоприятных условий для доступа афганских товаров на рынки государств — членов, в таможенной сфере и т.д. Одновременно, информировала о повышении статуса своего представителя в КГ до уровня директора департамента МИД по экономическим вопросам. (Аналогичное предложение в рамках ШОС консенсуса не получило).
По итогам международной конференции по Афганистану в Москве 27 марта 2009 года в Секретариате состоялось совещание Постпредов государств — членов ШОС с обменом мнениями по срокам и повестке дня очередной встречи КГ и о ходе реализации документов Московской конференции (одна сторона не участвовала в обсуждении второго пункта повестки). В соответствии с решением совещания, после саммита ШОС того же года Секретариат запросил мнение сторон по срокам и повестке дня будущей встречи Контактной группы. В сентябре 2009 года одна из сторон предложила провести ее заседание в октябре — ноябре 2009 года (темы: текущая ситуация в Афганистане, состояние и перспективы сотрудничества государств ШОС с ИРА на двусторонней основе и в рамках ШОС, обмен информацией по противодействию терроризму, незаконному обороту наркотиков, оружия, взрывчатых веществ и организованной преступности, о результатах деятельности КГ и организации диалога по формам и механизмам взаимодействия по решению афганской проблемы, о налаживании контактов с международными организациями (ООН, ЕС, НАТО) по стабилизации обстановки в Афганистане и обеспечению безопасности в регионе). В связи с отсутствием консенсуса по встрече она не состоялась.
В конце ноября того же года Секретариатом было высказано соображение о целесообразности придания работе КГ системного характера, предложив, в частности, рассмотреть возможность (в соответствии с Положением о статусе партнера по диалогу) придания сторонам нового уровня взаимодействия. Ответ (положительный) был получен только от одной стороны. На встрече Постпредов 22 декабря Секретариат вновь проинформировал о положении дел в Контактной группе.
В мае 2010 года Секретариат предложил провести совещание Постпредов по параметрам дальнейшего взаимодействия сторон на афганском направлении. Из-за отсутствия консенсуса оно не состоялось. В этой связи Секретариатом было высказано соображение о целесообразности продумать конкретные предложения к выработке совместных мероприятий по линии КГ. В аналогичном ключе были выдержаны и письма, направленные в ноябре от имени Генерального секретаря ШОС каждому руководителю государств — членов ШОС. Ответ был получен только от узбекской стороны, в котором повторялась позиция о заинтересованности РУ в строительстве отношений с Афганистаном исключительно на двусторонней основе, и одновременно, указывалось, что Узбекистан не будет участвовать в деятельности Контактной группы «ШОС — Афганистан».
В 2011 году Афганистан (минуя ступень партнерства по диалогу) подал заявку на получение статуса наблюдателя при ШОС. Положительное решение по этому вопросу было принято на Совете глав государств — членов 7 июня 2012 в Пекине. В этом контексте, Секретариат направил сторонам заключение о правовом статусе Контактной группы. В нем отмечалось, что документы, регулирующие деятельность КГ, не предусматривают ее прекращения при получении Афганистаном статуса наблюдателя при ШОС, и Группа может продолжать свою работу. Более того, ее деятельность фактически соответствует пункту 4.1 Порядка взаимодействия ШОС с наблюдателями от 15 мая 2006 года о создании с наблюдателями Совместных комитетов или групп связей.
В 2019 году состоялось очередное заседание Контактной группы, прошедшее 19 апреля в г. Бишкеке. В ходе данного мероприятия были обсуждены вопросы развития текущей военно-политической ситуации в Афганистане, её влияния на региональную безопасность, содействия государств-членов ШОС Афганистану в обеспечении мира, безопасности и экономическом восстановлении, а также расширения регионального сотрудничества. Также была достигнута договорённость, что после согласования проекта Дорожной карты дальнейших действий Контактной группы «ШОС-Афганистан» между государствами-членами ШОС и афганской стороной, документ будет подписан в установленном порядке в рамках заседания Совета глав государств-членов ШОС 13-14 июня 2019 года в Бишкеке.
13-14 июня 2019 года в Бишкеке в рамках заседания Совета глав государств-членов ШОС окончательный согласованный вариант Дорожной карты был подписан между Генеральным секретарём ШОС В.И.Норовым и заместителем министра иностранных дел Исламской Республики Афганистан.
14 июля 2021 года в городе Душанбе впервые состоялась встреча министров иностранных дел государств-членов ШОС и Исламской Республики Афганистан в рамках Контактной группы «ШОС — Афганистан», по итогам которой принято Совместное заявление министров иностранных дел государств-членов ШОС.