Развитие многопрофильного сотрудничества в целях поддержания и укрепления мира, безопасности и стабильности в регионе, содействия построению нового демократического, справедливого и рационального политического и экономического международного порядка является одной из ключевых целей Шанхайской организации сотрудничества, зафиксированных в Хартии Организации.
В Московской Декларации Совета глав государств-членов ШОС 2020 года указывается, что "государства-члены будут укреплять ШОС в качестве одной из опор формирующегося более представительного и справедливого миропорядка, основанного на верховенстве международного права, прежде всего, Устава ООН, уважении цивилизационного многообразия и самостоятельного выбора народами пути своего политического и социально-экономического развития, равноправном партнёрстве государств".
В Договоре о долгосрочном добрососедстве, дружбе и сотрудничестве государств-членов ШОС от 16 августа 2007 года констатировано общее намерение "способствовать демократизации международных отношений и становлению новой архитектуры глобальной безопасности на основе равенства, взаимного уважения, взаимного доверия и выгоды, отказа от блокового и идеологического разделения".
ШОС не является военным блоком, в её структуре нет каких-либо атрибутов, присущих оборонным альянсам, таких как наднациональные командные органы, объединённые воинские контингенты и др. При этом упомянутый Договор 2007 года предусматривает возможность проведения консультаций в рамках Организации в случае возникновения ситуации, ставящей под угрозу безопасность одной из сторон Договора.
Взаимодействие в области безопасности государств-членов Организации строится на основе принципов Устава ООН и Хартии ШОС, прежде всего, взаимного уважения суверенитета, независимости, территориальной целостности государств и нерушимости государственных границ, ненападения, невмешательства во внутренние дела, неприменения силы или угрозы силой в международных отношениях, отказа от одностороннего военного превосходства в сопредельных районах, ненаправленности против других стран и международных организаций, а также мирного разрешения возможных разногласий между государствами-членами.
По итогам заседания Совета глав государств-членов ШОС в г.Тяньцзине 1 сентября 2025 г. принято Заявление Совета глав государств-членов ШОС в связи с 80-летием окончания Второй мировой войны и образования ООН.
В ШОС создан ряд профильных механизмов: встречи Секретарей Советов безопасности, председателей Верховных судов и Генеральных прокуроров, Совещания министров обороны, внутренних дел, юстиции, по предупреждению чрезвычайных ситуаций, в рамках которых стороны координируют совместные действия по вопросам обеспечения международной и региональной безопасности, правоохранительной деятельности, обмениваются опытом и укрепляют рабочие контакты.
Практическая работа по выявлению, предупреждению и пресечению проявлений "трёх сил зла" (терроризма, экстремизма и сепаратизма) ведётся по линии Региональной антитеррористической структуры (РАТС) ШОС, демонстрирующей ощутимые результаты в противодействии указанным явлениям, устранению причин и условий их возникновения, а также распространению террористической идеологии, экстремистской пропаганды и радикализма на пространстве Организации.
В связи с тем, что повестка дня РАТС существенно расширилась по сравнению с первоначальной – в частности, в неё включена тематика международной информационной безопасности и противодействия международной организованной преступности, государства-члены ШОС приступили к практическим шагам по преобразованию Исполнительного комитета РАТС ШОС в Универсальный центр ШОС по противодействию угрозам безопасности.
Одним из важнейших решений Тяньцзиньского саммита стало подписание соглашений об Универсальном центре по противодействию вызовам и угрозам безопасности в г.Ташкенте, который включает в себя Центр информационной безопасности и Центр по противодействию международной организованной преступности в г.Бишкеке в качестве отделения и об Антинаркотическом центре в г.Душанбе в качестве отдельного постоянно действующего органа. Создание этих новых центров знаменует собой новый этап в развитии сотрудничества в сфере безопасности.
ШОС наращивает усилия в борьбе с незаконным оборотом наркотиков, чему способствует эффективная деятельность трёхуровневого механизма взаимодействия антинаркотических ведомств Шанхайской организации сотрудничества, созданного в 2009 году.
Основополагающим документом работы на данном треке является Антинаркотическая стратегия государств-членов ШОС на период с 2024 по 2029 гг. и Программа действий по её реализации.
Неотъемлемым элементом антинаркотического сотрудничества в рамках ШОС является формирование эффективных многосторонних механизмов контроля за производством, ввозом, вывозом и транзитом прекурсоров, используемых для изготовления и переработки запрещённых наркотических веществ.
Одним из эффективных механизмов в рамках ШОС является международная антинаркотическая операция под кодовым названием "Паутина".
4-8 августа 2025 года на территориях государств-членов ШОС была проведена очередная операция "Паутина". В результате было изъято 9 тонн 235 кгнаркотических средств и 21 тонн 451 кг прекурсоров.
В июне 2011 года подписан Меморандум о взаимопонимании между Секретариатом ШОС и УНП ООН. С 2017 года регулярно организуются совместные мероприятия высокого уровня "на полях" ежегодных заседаний Комиссии ООН по наркотическим средствам.
В целях совершенствования практических навыков с 2003 года проводятся совместные антитеррористические учения "Мирная миссия" по линии правоохранительных органов и вооружённых сил государств-членов ШОС.
С 2004 года Миссии ШОС участвуют и осуществляют наблюдение в ходе электоральных процессов в государствах-членах Организации и за её пределами. За период с 2004 года было сформировано 76 Миссий наблюдателей от ШОС.