Развитие многопрофильного сотрудничества в целях поддержания и укрепления мира, безопасности и стабильности в регионе, содействия построению нового демократического, справедливого и рационального политического и экономического международного порядка является одной из ключевых целей ШОС, зафиксированных в Хартии (уставе) Организации. В Московской Декларации Совета глав государств-членов ШОС 2020 года указывается, что "государства-члены будут укреплять ШОС в качестве одной из опор формирующегося более представительного и справедливого миропорядка, основанного на верховенстве международного права, прежде всего, Устава ООН, уважении цивилизационного многообразия и самостоятельного выбора народами пути своего политического и социально-экономического развития, равноправном партнерстве государств". В Договоре о долгосрочном добрососедстве, дружбе и сотрудничестве государств-членов ШОС от 16 августа 2007 года констатировано общее намерение "способствовать демократизации международных отношений и становлению новой архитектуры глобальной безопасности на основе равенства, взаимного уважения, взаимного доверия и выгоды, отказа от блокового и идеологического разделения". Соответствующие взаимопонимания подтверждены в Самаркандской и Нью-Делийской декларациях, принятых на заседаниях Совета глав государств-членов ШОС в 2022 и 2023 годах.
В ШОС нет официально принятой и документально оформленной концепции безопасности. Однако это не означает, что у государств-членов нет общего понимания принципиальных основ и принципов обеспечения безопасности на пространстве Организации и за ее пределами. В частности, в преамбуле упомянутого Договора 2007 года зафиксировано намерение способствовать становлению новой архитектуры глобальной безопасности на основе равенства, взаимного уважения, взаимного доверия и выгоды, отказа от блокового и идеологического разделения. Московская Декларация фиксирует общую приверженность принципу равной, совместной, неделимой, комплексной и устойчивой безопасности. Эта же формула воспроизведена в Самаркандской и Нью-Делийской декларациях 2022 и 2023 годов. Иными словами, есть все основания говорить о наличии устойчивого консенсуса на этот счет.
В то же время, ШОС не является военным блоком, в ее структуре нет каких-либо атрибутов, присущих оборонным альянсам, таких как наднациональные командные органы, объединенные воинские контингенты и др. В уставных документах ШОС отсутствуют взаимные обязательства по совместной обороне от внешней агрессии. Единственно, упомянутый Договор 2007 года предусматривает возможность проведения консультаций в рамках Организации в случае возникновения ситуации, ставящей под угрозу безопасность одной из сторон Договора.
Взаимодействие в области политики и безопасности государств-членов Организации строится на основе принципов Устава ООН и Хартии ШОС, прежде всего, взаимного уважения суверенитета, независимости, территориальной целостности государств и нерушимости государственных границ, ненападения, невмешательства во внутренние дела, неприменения силы или угрозы силой в международных отношениях, отказа от одностороннего военного превосходства в сопредельных районах, ненаправленности против других государств и международных организаций, а также мирного разрешения возможных разногласий между государствами-членами.
В ШОС создан ряд эффективных профильных механизмов: встречи секретарей Советов безопасности, председателей Верховных судов и Генеральных прокуроров, Совещания министров обороны, внутренних дел, юстиции, предупреждения чрезвычайных ситуаций, в рамках которых стороны координируют совместные действия по вопросам обеспечения международной и региональной безопасности, правоохранительной деятельности, обмениваются опытом и укрепляют рабочие контакты.
Практическая работа по выявлению, предупреждению и пресечению проявлений "трех сил зла" (терроризма, экстремизма и сепаратизма) ведется Региональной антитеррористической структурой (РАТС) ШОС, которая демонстрирует значительные результаты по противодействию терроризму, сепаратизму и экстремизму, прежде всего на территориях государств-членов Организации, устранению причин и условий их возникновения, а также распространению террористической идеологии и экстремистской пропаганды.
В связи с тем, что повестка дня Структуры принципиально расширилась по сравнению с первоначальной – в частности, в нее включена тематика международной информационной безопасности и др., в настоящее время государствами-членами изучается возможность преобразования РАТС в Универсальный центр ШОС по противодействию угрозам безопасности.
ШОС последовательно наращивает усилия в борьбе с незаконным оборотом наркотиков, чему способствует эффективная деятельность Трехуровневого механизма взаимодействия антинаркотических ведомств Шанхайской организации сотрудничества, созданного в 2009 году.
Основополагающим документом работы на данном треке является Антинаркотическая стратегия государств-членов ШОС на период с 2018 по 2023 гг. и Программа действий по ее реализации (в настоящее время государствами-членами ШОС разрабатываются проекты аналогичных документов на период 2024-2029 гг.).
В июне 2011 года подписан Меморандум о взаимопонимании между Секретариатом ШОС и УНП ООН. С 2017 года указанные органы регулярно организовывают совместные мероприятия высокого уровня "на полях" ежегодных заседаний Комиссии ООН по наркотическим средствам. В марте 2023 года был проведен седьмой сайд-ивент на тему: "ООН и ШОС против наркотиков: усиление практического сотрудничества", в котором приняли участие Генеральный секретарь ШОС Чжан Мин, Исполнительный директор УНП ООН Г.Вали, представители государств-членов и наблюдателей ШОС.
В целях совершенствования практических навыков, с 2003 года проводятся совместные антитеррористические учения "Мирная миссия" по линии правоохранительных органов и вооруженных сил государств-членов ШОС.
С 2004 года Миссия ШОС осуществляет наблюдение в ходе электоральных процессов в странах ШОС.